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第一部 第一章 生物多様性の構造（部分）
第３の危機として、まず近年その問題が顕在化するようになった移入種による生態系の攪乱が挙げられます。
近年、マングース、アライグマ、ブラックバスなど、国外又は国内の他地域から野生生物が本来有する移動能力を超えて、人為によって意図的・非意図的に移入された種、すなわち移入種（外来種）が増加しており、地域固有の生物相や生態系に対する大きな脅威となっています。特に、他の地域と隔絶され、固有種が多く生息・生育する島嶼等では、移入種が在来の生物相と生態系を大きく変化させるおそれがあります。国境を越えた人や物の流れの増大に伴い、微生物を含む様々な生物の移入が増えています。影響の種類も、マングース、ブラックバス等による捕食、タイワンザル、タイリクバラタナゴ等と在来近縁種との交雑、ノヤギ等による植生破壊・土壌環境撹乱など様々なタイプがあります。絶滅危惧種の中には、これら移入種の影響を強く受けているものが少なくありません。また、移入の経緯から、関係する分野も家畜、園芸、ペット、漁業など、多岐にわたるため、問題の構造は極めて複雑です。移入種による影響についての理解は未だ十分とは言えない状況ですが、特に日本のように独特の生態系を有する島国では、移入種により絶滅の危機にさらされる動植物が多く、生物多様性に与える影響が甚大であることを認識しなければなりません。移入種が及ぼす影響に関する科学的知見の収集を基礎としながら、侵入の予防、侵入の初期段楷での発見と対応、定着した移入種の駆除・管理の各段階に応じた対策を進める必要があります。
第一部 第二章 第三節 生物多様性の現状（部分)
移入種による在来の生物多様性への影響は、次のように大別されます。
①捕食：マングースやブラックバスといった捕食者が、餌となる在来種を減少させることによる影響
②競合：移入種が、類似した生態をもつ在来種の食物や採食場所を奪ってしまうことによる影響
③植生や土壌環境の攪乱：ノヤギなどが採食や踏みつけによって植生を劣化させたり、生態系の基盤環境である土壌を攪乱することによる影響
④遺伝的撹乱：移入されたタイワンザルがニホンザルと交雑することなどによる影響
移入種が増加している背景として、国内外の物流及び人の動きが増大していることが挙げられます。また、ペット飼養等の目的で多数の様々な生きた動植物が輸入されており、それらの一部が、放逐されたり逃亡することによって新たな移入種になりつつあります。これらについては、一部の動植物を除けば、輸入、取引、利用等における効果的な制限がなされていないのが実態です。
わが国の生物種の現状について、以下に分類群に分けて説明します。
第三部 第二章 第五節 野生生物の保護管理（部分)
移入種（外来種問題）への対応
国境を越えた人や物の流れの増大や国内における生物の利用の拡大に伴い、わが国に持ち込まれる生物は増加する傾向が見られます。国外あるいは地域外から人為的に持ち込まれた生物（移入種あるいは外来種）は、在来の近緑な種や同種の在来個体群との交雑の進行、他の種の捕食や生息の場の占奪等による在来種への圧迫等による生態系の攪乱のおそれや、農林水産業への支障を与える場合があります。
移入種（外来種）による影響の防止対策は、あらゆる生物が対象となり、生物の移動経路が多岐にわたり、影響の生じ方も様々です。生物多様性条約締約同会議で決議された中間的指針原則では、①侵入の予防、②侵入の初期段階での発見と対応、③定着した生物の駆除・管理の3段階で、必要な対応を行っていくことか求められています。特に他の地域と隔絶され、固有の生物相を有する島嶼等では、移入種（外来種）が在来の生物相と生態系を大きく変化させるおそれが強くあるため、重点的な対応が必要です。
また、わが国で現に生じている移入種（外来種）による生物多様性への影響としては、過去にハブ等の大敵として導入されたマングースなどによる影響が問題化しています。さらに、近年では、アライグマなどペットとして飼育されている動物の遺棄、逃亡による影響が特に顕著となってきており、これらへの重点的な対応が必要です。
移入種（外来種）による生物多様性に対する影響への対応としては、移入種（外来種）がひとたび定着した場合には根絶することが極めて困難であり、侵入の予防を重点に考えることが効果的な対策であるという前提に立ち、①国内や地域内で既に定着して影響を生じている生物種、定着していないが定着した楊合には影響が懸念される注意を要する生物種のリストの作成②国内や地域内で定着していない生物の新たな利用に先立つ影響評価の実施、③飼育動物のうち、放すこと、逃げだすことにより影響が生ずるおそれがあるものの管理、④貨物に付着しての移動など、意図せずに導入される生物の侵入経路の特定と侵入の予防、⑤注意を要する種の移入、定着に関するモニタリングと早期対応の実施、⑥定着している移入種（外来種）のうち影響の軽減が必要なものの排除・管理、⑦これらの対策に必要な体制、資金の確保、といった取組を着実に進めていく必要があります。
①については、移入種（外来種）の様々な対応の基礎となるものであり、定着状況の把握等の調査を含め、早急にリストを作成します。また、②については、ペットを始め、国内での移入種（外来種）の利用に先立って生物多様性への影響を評価し、影響の懸念される生物の利用の制限を行うことにより、影響が懸念される生物の輸入の抑制を図ります。また、国外からの生物の輸入の実態を明らかにするとともに、生物多様性に影響を生じさせる国外からの移入種（外来種）の水際での管理について検討します。あわせて、③の飼育動物の管理を徹底することにより、わが国での移入種（外来種）問題のうち大きな要因となっているペット由来の動物による影響への対策を図ります。
固有の生物相を有している島嶼地域や湖などの開鎖性水域は、移入種（外来種）の侵入に対して特に脆弱な地域であることから、移入種（外来種）の導入を規制し、既に定着している移入種（外来種）であって生物多様性への影響を生じさせているものの排除、管理を重点的に実施する必要があります。環境省では、平成12年度より奄美大島におけるマングースの駆除事業を実施しており、今後とも緊急性の高い地域における移入種（外来種）の排除を行っていさます。また、農林水産省では、ブラックバス等外来魚について、密放流防止の啓発、地域における生息状況等の調査、駆除、生態系の復元等の事業に対する支援及びブラックバス・ブルーギルの生態的特性の解明と効果的な繁殖抑制技術の研究開発を行っており、今後ともこれら外来魚の生息域の拡大の防止及び生息数の減少を図ることを基本として、これら事業等を推進することとしています。さらに、国土交通省では「河川における外来種対策に向けて（案）」をとりまとめ、これに基づいた河川管理を図るとともに、外来種対策の重要性について市民に向けての広報・啓発活動など、その対策の推進が図られているところです。
移入種（外来種）への対応に関しては、幅広い行政機関、事業者が関係することから、施策を総合的に推進するために有効な関係機関の連携体制の確保を図ります。
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